大奥一の女主であり主宰者でもあるのが、将軍正室である「御台所」である。御台所は、三代将軍家光以降は、五摂家（近衛家・九条家・一条家・二条家・鷹司家）か四親王家（有栖川宮家・桂宮家・伏見宮家・閑院宮家）から迎えるのが慣例となっていた。11代将軍家斉の御台所・広大院と13代将軍家定の御台所・天璋院の2人は、どちらも島津家出身であったが、縁戚に当たる近衛家に養女となった上で輿入れした。なお、七代将軍・家継の婚約者となった八十宮吉子内親王と、十四代将軍・家茂の御台所となった和宮親子内親王（静寛院）はどちらも摂家・宮家出身ではなく、皇女であった。

江戸時代初期においては大抵の場合、御台所は形式上の主宰者であった。例えば、3代家光夫人・鷹司孝子は夫との仲が極めて険悪で、正式に「御台所」と称することのないまま、結婚後程なくしてその居所を本丸から中丸に移され、大奥の実権はもっぱら春日局らが握っていた。その立場に変化が現れたのは、6代将軍徳川家宣の時代で、家宣が、御台所・天英院の父・近衛基煕を儀礼指南役として重用し敬意を表したことで、幕府役人はもちろん、大奥の儀礼も整えられた。それによって御台所の立場は不動のものとなったが、御台所不在の期間が合わせて約100年ほどあり、その間は先代将軍の正室や将軍生母らが大奥を主宰した。

生前に官位を賜ったのは

4代家綱正室の浅宮顕子女王（従三位）
6代家宣正室の近衛熈子（従一位）
10代家治正室の五十宮倫子女王（従三位）
11代家斉正室の近衛寔子（従一位）
12代家慶正室の楽宮喬子女王（従三位）
13代家定正室の近衛敬子（島津篤子）（従三位）

の6人だけで、世嗣となる子供を産んだのは2代秀忠正室のお江与の方だけである。御台所は自らの夫が亡くなった場合は落飾して本丸から退き、西丸で余生を過ごした。

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