将軍ないし大名が正室及び側室の間に複数の男子がある場合、主に正室を母として生まれた男子のうち最年長の者を嫡男とする例が多く、側室の生んだ子がたとえ長男であったとしても庶長子として嫡男よりも風下に位置付けられることもあった。奥州藤原氏における藤原秀衡の庶長子・藤原国衡や、北条氏の当主・北条時頼の庶長子・北条時輔、伊達氏における伊達政宗の庶長子・伊達秀宗がその例である（奥州藤原氏では藤原秀衡の後継者は正室との間に生まれた次男である藤原泰衡が当主となり、同じく北条氏では時頼の次男・北条時宗が、伊達氏でも正室との間に生まれた次男・伊達忠宗がそれぞれ後継者となっている）。

正室、側室双方が生んだ子のいずれが家の後継者となるかについては、室の実家の家柄や勢力が作用することが大きく、嫡男と目された男子の養育や家臣には、後継後の家政の主流として期待される人物が配置されることが多いが、父たる当主のときどきの意向や子との方針の一致不一致や、その子の人格や品行や、それに伴う家臣の人望や非主流の思惑が左右することもあった。

また、正室の死没または離婚後に当主が継室（後妻）を迎え入れた場合、先妻の子が後継となるのが主流ではあったが、継室の生んだ子が後継者の候補に立てられる場合もあり、お家騒動にもつながった。この場合には、生母の実家の勢力の推移や家中の意志だけではなく、ときの為政者や上位家系の意向が左右することもあった。

さらに、戦国時代から江戸時代にかけて、嫡男の実母でありながら、正室がその同母弟を後継者に立てようとしたとする説も存在する。織田信秀の正室・土田御前は嫡男・信長を恐れて同母弟・信行を立てようとしたとされていたり、伊達輝宗の正室・義姫も嫡男・政宗の動向を危ぶんで、同母弟・小次郎を立てようとしたとする説などである。さらに、江戸幕府2代将軍・徳川秀忠の御台所・崇源院のように、嫡男である3代将軍・家光よりも、同母弟である駿河大納言・忠長を寵愛し後継に立てようとしたとする説もある。いずれも後継となった兄により自害ないし配流されたが、このように正室が嫡男の実母でありながら、いたずらにお家騒動またはその原因をつくったとする伝承がある。

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